ระบบการกรองของ เครื่องดูดฝุ่นตั้งพื้น มีบทบาทสำคัญในการป้องกันมลพิษทุติยภูมิ
ระบบกรองเครื่องดูดฝุ่นตั้งพื้นคุณภาพสูงใช้เทคโนโลยีการกรองที่หลากหลาย การกรองทั่วไปคือการกรองหลัก ซึ่งโดยทั่วไปจะเป็นตัวกรองหรือสำลีกรอง ซึ่งสามารถกรองฝุ่นและเศษขยะขนาดใหญ่ เช่น เส้นผม เศษขยะ ฯลฯ นี่เป็นแนวแรกในการป้องกันมลพิษทุติยภูมิ ตัวอย่างเช่น ตัวกรองหลักของเครื่องดูดฝุ่นบางชนิดสามารถดักจับอนุภาคขนาดใหญ่ที่มองเห็นได้ด้วยตาเปล่าได้อย่างมีประสิทธิภาพ ช่วยลดภาระในการเชื่อมโยงการกรองที่ตามมา
ถัดมาเป็นชั้นกรองประสิทธิภาพสูง เช่น HEPA สามารถกรองฝุ่นละอองขนาดเล็กได้อย่างแม่นยำ และประสิทธิภาพการกรองอนุภาคขนาด 0.3 ไมครอนขึ้นไปอาจสูงถึง 99.97% หรือสูงกว่านั้นด้วยซ้ำ ซึ่งหมายความว่าฝุ่นที่เป็นอันตรายเกือบทั้งหมดที่ถูกดูดเข้าไปในเครื่องดูดฝุ่นสามารถดักจับได้และจะไม่ถูกระบายออกสู่อากาศอีก จึงหลีกเลี่ยงมลภาวะของอากาศภายในอาคารและเป็นอันตรายต่อระบบทางเดินหายใจของมนุษย์
เครื่องดูดฝุ่นบางชนิดยังใช้ชั้นกรองถ่านกัมมันต์ ซึ่งสามารถดูดซับกลิ่นและโมเลกุลก๊าซที่เป็นอันตราย เช่น ฟอร์มาลดีไฮด์และเบนซิน โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อทำความสะอาดเส้นผมของสัตว์เลี้ยง สภาพแวดล้อมที่ชื้นหรือบริเวณที่มีกลิ่น ชั้นตัวกรองถ่านกัมมันต์สามารถกำจัดกลิ่นได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้อากาศที่หมดไปสดชื่นยิ่งขึ้น ปรับปรุงผลการทำความสะอาดให้ดียิ่งขึ้น และป้องกันมลพิษทุติยภูมิที่เกิดจากกลิ่นและก๊าซที่เป็นอันตราย
นอกจากนี้ ระบบการกรองของเครื่องดูดฝุ่นตั้งพื้นระดับไฮเอนด์บางรุ่นยังมีฟังก์ชันทำความสะอาดตัวเองอีกด้วย ในระหว่างการทำงานของเครื่องดูดฝุ่น ฝุ่นบนตาข่ายกรองจะถูกทำความสะอาดทันเวลาผ่านการไหลเวียนของอากาศย้อนกลับหรือการสั่นสะเทือน รักษาความสามารถในการซึมผ่านและประสิทธิภาพการกรองของตาข่ายกรอง และหลีกเลี่ยงการลดลงของการดูดและมลพิษทุติยภูมิที่เกิดจากการอุดตันของตัวกรอง ตัวอย่างเช่น เครื่องดูดฝุ่นบางรุ่นที่มีเทคโนโลยีการแยกแบบไซโคลนสามารถแยกฝุ่นออกจากตาข่ายกรองด้วยแรงเหวี่ยงแรงเหวี่ยงอันแรงกล้าในระหว่างกระบวนการกรอง และปล่อยลงในถังเก็บฝุ่น เพื่อให้มั่นใจว่าระบบการกรองจะรักษาสภาพการทำงานที่ดีอยู่เสมอ